本发明涉及水质监测领域，具体是一种近海域水体样本采集系统，包括进水仓，进水仓上方设有样本采集仓，样本采集仓外壳沿圆周方向设有多个第一进水口，进水仓与样本采集仓的下半仓体在水中时位于水平面以下，样本采集仓上方设有防水防蚀的电机仓，电机仓顶部外壳设有固定支架，固定支架上安装有若干面太阳能板，太阳能板下方在电机仓顶部外壳上设有电池仓，电池仓与电机仓外壳包覆有螺旋散热器，电池仓顶部外壳设有固定杆，固定杆上在电池仓上方设有排风器，固定杆顶部设有警示灯。本发明主要针对近海域水体进行样本采集，在采集过程中对采集的样本进行密封同时与外界恒温保存，确保采集到的样本不会受到污染和变性。