本发明公布了一种计及实时仿真的综合能源系统混合时间尺度协同运行方法，考虑了高比例新能源渗透下电力系统与天然气系统在动态过程与调度周期的差异性，即电力系统调度分为日前运行与实时运行，而天然气系统则仅包括日前调度决策。本发明计及了电力系统与天然气系统日前调度的协同，同时计及了实时运行中采用天然气系统仿真定量分析新能源波动的影响,实现了有限信息交互下的综合能源系统混合时间尺度协同。本发明有效保护了电力系统与天然气系统运行的信息隐私，有望为高比例新能源渗透的综合能源系统协同运行分析提供理论基础。