本发明涉及海产经济贝类杂交育种技术领域，特别是一种基于紫扇贝、海湾扇贝和墨西哥湾扇贝三元杂交的育种方法。首先利用海湾扇贝与墨西哥湾扇贝进行亚种间杂交，获得育性不受影响杂交子一代扇贝；然后利用所得杂交子一代扇贝与紫扇贝进行种间杂交，获得正常发育且具有显著的生长和抗逆优势的种间杂交子一代扇贝，而后将三元杂交后代通过群体混交得以纯化，连续选育即获得遗传稳定、性状优良的海墨紫(或墨海紫)三元杂交扇贝新品种。本发明方法可将紫扇贝、海湾扇贝和墨西哥湾扇贝的优良性状集于一体，进而培育出生长和抗逆优势更为显著的三元杂交扇贝新品种，提高扇贝养殖业的良种保存与供应能力。