本申请公开了基于影像和电生理实时定位的脑深部电极自动植入系统，包括：控制中心、颅骨穿刺单元、电生理信号采集单元、机械传送单元；颅骨穿刺单元用于实施穿刺操作；电生理信号采集单元用于采集脑深部电生理信号；机械传送单元用于带动颅骨穿刺单元、电生理信号采集单元采集以及脑深部电极；控制中心用于脑部三维立体影像生成影像靶点和虚拟植入通路，以及最佳植入点和植入深度，以及控制机械传送单元的动作。本申请通过影像和电生理信号的双重定位，得到最佳的电极植入位置，实现脑深部刺激电极或检测电极的精准植入，有效保证了脑深部电刺激的手术效果，整个植入过程自动完成，无需人工参与，耗时短，精度高。