本发明公开一种基于边界报警的二噁英在线检测系统，涉及二噁英在线检测技术领域。包括上位机系统，根据常规污染物和/或锅炉工况的历史数据求解或预先设定每一项常规污染物的边界值和/或锅炉工况的边界值；统计每一项常规污染物和/或锅炉工况的实时数据在对应边界值以外的维持时间，若存在任一项常规污染物和/或锅炉工况的维持时间大于对应的设定时间阈值，则判定二噁英在线检测设备存在受污染的风险，发出控制命令；采样切换管路，通过所述控制命令实现阀门的控制，将二噁英在线检测设备由烟气进样切换为空气进样。本发明提高了二噁英在线检测设备的使用寿命，降低设备维护成本。