一种高水位黄土地层多股道铁路复合架空体系及其施工方法，包括沿多股道线路长度方向布置的若干临时架空桩，临时架空桩通过D型便梁与多股道的轨道相连接，多股道的轨道两侧分别设有止水帷幕，相邻的两排D型便梁连接的临时架空桩之间设有工作基坑，工作基坑两侧设有降水井，工作基坑内设有正式架空桩，正式架空桩通过横抬梁与多股道的轨道相连接；通过设置临时架空桩临时架空既有线路，在相邻的两排临时架空桩之间开挖工作基坑，进行区域降水，然后施做正式架空桩，正式架空桩的长度可以根据上部荷载设置，以满足承载能力；本发明通过临时架空到正式架空的转换，解决了高水位黄土地层人工挖孔桩的施工瓶颈和多股道铁路施工空间的限制问题。