本公开涉及汽缸停用操作期间的燃料系统管理。用于操作发动机燃料添加系统以管理向包括多个汽缸的发动机供应燃料的蓄能器中的燃料的方法包括：监测蓄能器中的燃料负载；确定发动机在诸如跳火模式之类的汽缸停用模式下操作，在此期间，对汽缸中的一个或更多个汽缸的一个或更多个燃料添加事件被跳过；以及在汽缸停用模式操作期间，控制燃料从燃料泵到蓄能器的供应。在实施方式中，控制燃料的供应包括：如果所监测的燃料负载小于或等于第一燃料负载，则使燃料从燃料泵供应到蓄能器；以及如果所监测的燃料负载大于第一负载值，则使燃料不从燃料泵供应到蓄能器。控制燃料的供应可以包括在各个停用汽缸的各个燃料添加事件循环期间控制燃料的供应。