本发明公开一种用于制氢电解槽阵列的热管理系统及方法，该系统包括多个并联的电解槽，每个电解槽的氢气出口端和氧气出口端分别与氢侧气液分离器和氧侧气液分离器连接，氢侧气液分离器的排液口和氧侧气液分离器的排液口并联后与热交换器的第一换热通道的其中一端连接，第一换热通道的另一端与第一单向阀的进液口连接，热交换器的第二换热通道的两端接入换热环路，第一单向阀的出液口与加热器的其中一端连接，加热器的另一端通过碱液循环泵与多个并联的第二单向阀连接，每个第二单向阀均匹配接入一个电解槽的进液口，且第一单向阀的出液口和加热器之间设有碱液补充支路。本发明的有益效果是：大幅减少电解槽阵列的启动时间，提升系统的快速响应性。