一种用于活力PCR的光活化装置及其控制方法，包括光源、滤光片、漫射光学元件、反射结构、及散热装置。光源提供具特定波长的光束，供照射生物样品进行光活化。滤光片反射来自于光源的红外光以降低热辐射。漫射光学元件均匀化穿过滤光片的光束。反射结构设置于生物样品的周围，反射穿过漫射光学元件的光束以强化均光效果。散热装置邻设于光源，对光活化装置进行散热。借此，光源提供的光束先穿过滤光片再穿过漫射光学元件，并经反射结构的反射，使得生物样品得到均匀的照光，以提升光活化效率，并由滤光片及反射结构阻挡热辐射，以避免损害生物样品。