本发明公开了一种稳定的青蒿素制备方法，方法如下：将硼氢化钠溶于第一份甲醇溶液中，形成均一性的硼氢化钠甲醇溶液；将青蒿素加入至第二份甲醇溶液进行搅拌混合，得到青蒿素溶液；将步骤一中制得的硼氢化钠甲醇溶液加入至步骤二中的青蒿素溶液，继续搅拌进行反应；反应完毕后，加入盐酸溶液分解多余的硼氢化钠，然后再缓慢滴加纯化水，有白色絮状物析出，抽滤烘干即为二氢青蒿素。本发明改变了硼氢化钠的投料方式，将硼氢化钠完全溶解在甲醇溶液中形成均一性液体，以液相形态加入反应体系，避免固液混悬对反应的不利影响，该措施不仅有利于与反应物的接触而使反应速度加快，而且温度波动小，反应更温和可控而且操作简便。