本发明公开了一种蒿甲醚杂质脱水双氢青蒿素的制备方法，属于药物化学技术领域。具体来说，本发明提供的制备方法包括：将一定量的双氢青蒿素溶解在适量的有机溶剂中，降温至0℃‑5℃，在搅拌条件下向溶液中加入三氟化硼乙醚；待溶液澄清后，继续搅拌10‑30min；然后在室温下避光静置；待反应完成后，将反应液进行萃取和浓缩，得到脱水双氢青蒿素粗品；对所述脱水双氢青蒿素粗品进行提纯，得到脱水双氢青蒿素。本发明提供的制备方法具有反应效率高，工艺安全性好的优点，同时不需要使用大量的有机试剂，成本更低，符合绿色化学的要求，更适用于进行规模化的生产。