一种多流关联分析识别私有加密数据的方法及系统，包括一类私有加密数据识别，一类私有加密数据识别过程获得非一类私有加密数据；从非一类私有加密数据中进行二类私有加密数据识别；将识别的一类私有加密数据和二类私有加密数据进行引擎上报；获取非一类私有加密数据，对非一类私有加密数据进行数据流关联分析；预设二类私有加密数据的特征码和端口，通过识别第一源IP、第一源端口、第一目的IP和第一目的端口，进行第一会话标识；匹配特征码和端口，判断第一会话是否属于二类私有加密数据；若属于二类私有加密数据进行后续会话的识别处理。本发明实现对特定私有加密数据的动态分析；识别范围、适用场景更加广泛，提高网络中海量数据的利用率。