本发明公开了一种农业面源污染远程监控系统及监控方法。农业面源污染远程监控系统包括远程污染数据分析服务器，将待监测区域划分为多个区域，每个区域设置有一个中继节点，每个区域中设置有多个监测节点，所述监测节点分别连接区域中的所述中继节点，所述中继节点分别与所述远程污染数据分析服务器连接。本发明能够实现对面源污染的有效监测，在获取部分关键污染数据之后，先对关键污染数据进行分析，再对异常情况进行全面数据采集，既实现了有效的监控，又避免了大量无效数据的采集造成的系统负担增加，提升了监测数据的针对性和有效性。