本发明公开了一种自动化细胞蜡块制备仪及基于其制作细胞蜡块的方法，属于细胞病理学技术和相关器具研发领域，其特征在于，包括机身、离心系统、排液系统、自动加样系统和控制系统等主要结构或部件，控制系统内的离心控制模块用于控制离心系统内的离心转速、时间和机身的锁定与开启；排液控制模块控制排液系统内所需的压力、时间，并控制机身配合完成排液操作，试剂加注控制模块控制机身配合自动加样系统，按照设置参数完成加注试剂操作。可自动化完成体液样本的离心和细胞的分离，细胞沉淀物的凝结和固定过程，从而能显著提高细胞蜡块的制备效率和质量，而且，该自动化细胞蜡块制备仪的使用还具有结构简单、制造成本低、使用方便的特点。