本发明属于自然灾害普查技术领域，尤其是一种自然资源灾害风险普查系统，包括普查数据采集模块、管理模块、自然灾害预警模块、应急辅助决策模块，所述普查数据采集模块上连接有信息分析模块、灾害分析模块，管理模块上连接有移动APP模块；灾害分析模块包括建立风险评估模型库、建立风险制图单元、信息自然灾害综合风险评估、空间信息确定与信息迅速填报。本发明全面获取全省地震灾害、地质灾害、气象灾害、水旱灾害、森林和草原火灾、海洋灾害等主要灾害致灾信息，人口、房屋、基础设施、公共服务系统、三次产业、资源与环境等重要承灾体信息，历史灾害信息，掌握重点隐患情况，查明区域抗灾能力和减灾能力。