本发明公开了一种多囊脂质体制备系统，包括内水相罐、有机相罐、初乳反应罐、一级复乳反应罐、外水相罐和二级复乳反应罐，所述内水相罐和有机相罐的出液口分别连接初乳反应罐的进液口，所述初乳反应罐和外水相罐的出液口分别连接一级复乳反应罐的进液口，所述一级复乳反应罐和外水相罐的出液口分别连接二级复乳反应罐的进液口，所述二级复乳反应罐的进气口连接氮气罐，二级复乳反应罐的出气口连接抽气泵；所述内水相罐用于容纳内水相溶液，所述有机相罐用于容纳有机相混合液，所述外水相罐用于容纳外水相溶液。该系统是一种快速、高效，并利于多囊稳定形成的去除有机溶剂的多囊脂质体制备系统。