本发明涉及运输制冷系统能量管理系统和方法，具体而言一种用于操作运输制冷系统的系统和方法包括：拖车系统，其包括连接到运输容器的车辆；发电装置，其可操作地连接到拖车系统的轮轴，发电装置配置成在操作频率下旋转，并且配置成从轮轴的旋转能生成电功率，以便在发电装置被启用时，对储能装置进行充电；能量管理系统，其用于给拖车系统的运输制冷单元提供功率，能量管理系统包括与发电装置和储能装置中的至少一个通信的能量控制器，其中，能量控制器配置成在发电装置的操作频率等于或小于能量控制器操作极限时，修改发电装置的操作。