本发明题为“用于处理燃气涡轮发动机的燃料的系统和方法”。提供了一种用于处理和过滤集装箱化模块中的液体燃料的系统和方法。该方法涉及使来自原始燃料箱和清洁燃料箱的液体燃料沿着箱排出处理系统的处理流动路径流动，以从液体燃料中去除水、颗粒和生物污染物。液体燃料还沿着供应流动路径流动到燃气涡轮发动机。具体地讲，供应流动路径包括分离器和过滤器以及输送泵，这些分离器和过滤器不同于箱排出处理系统内的那些分离器和过滤器。通过经由集成系统处理该液体燃料，该集装箱化模块的燃料处理系统提供了安装的便利性，使所用的空间量最小化并降低了成本。