本发明公开了一种过氧化氢等离子灭菌器，包括控制系统和设有内腔的壳体，在内腔中安装有灭菌舱，灭菌舱上安装有加液装置、提纯装置、干燥装置和真空泵，提纯装置包括加热组件和过滤组件，加热组件与灭菌舱连接，过滤组件安装在加热组件上，空气通过加热组件进入灭菌舱内；干燥装置包括循环管道和鼓风组件，循环管道安装有升温组件，循环管道、鼓风组件和灭菌舱依次连通形成封闭的循环通路，循环管道上安装有第一控制开关；在真空泵的排液口安装有油水分离装置，油水分离装置包括分离组件、进液管、输水管和输油管，排液口通过进液管与分离组件连通，输油管的一端与分离组件上方连通，另一端与真空泵连通，输水管的一端与分离组件上方连通。