本发明提供了一种控制系统控制氮氧化物排放的方法，包含控制系统中的处理器根据预设范围处理多组数据集以产生多组更新数据集，每一组更新数据集包含氨水喷量及多个更新变数值，再根据多个平均氮氧化物浓度及所述多组更新数据集产生一组回归系数，及处理器根据目标平均氮氧化物浓度、该组回归系数及一组更新数据集，产生目标氨水喷量，即为当下最适氨水喷量。本发明在给定的氮氧化物的排放标准下，能精准产生最低氨水喷量，并借以控制氮氧化物的排放同时减低水泥厂的氨逃逸及减低水泥产线设备的腐蚀。