本发明公开了一种用于分离大鼠下丘脑弓状核神经元的方法，包括找出下丘脑中弓状核神经元核团的差异表达最显著的若干个标志物；根据标志物在其他细胞群中的表达差异筛选出在弓状核区域中唯一显著高表达的标志物，分别为Gck、S100g、Six6和Sox14；采用流式细胞术分选下丘脑中含有Sox14、S100g、Gck和Six6这四个标志物的阳性细胞，所获得的阳性细胞群中弓状核神经元核团浓度比较高；本发明基于空间转录组技术，通过流式细胞术分选，从而实现弓状核神经元核团分离；本发明提供的下丘脑弓状核神经元核团的分离方法，无需养殖转基因大鼠，操作成本低并且对仪器和平台依赖度较低，适宜在科研单位中推广和普及。