本发明提供一种基于鲁棒控制的风电机组气动不平衡载荷控制方法，该方法包括：获取待测量机舱的主轴载荷测量量；将机舱的主轴载荷测量采用机舱坐标变换，转化为鲁棒独立变桨控制器的有效输入；确立风电机组气动不平衡的乘积摄动模型；计算鲁棒独立变桨控制器；采用机舱坐标逆变换得到风电机组控制系统的输入桨距角。本发明采用基于机舱的弯矩测量量作为控制器的反馈输入，解决在旋转部件中安装传感器的问题，使控制柜和传感器都位于机舱内部；所提出控制策略仍在Coleman变换的基础上进行，仅使用一个控制器完成气动不平衡控制；采用多输入多输出和强鲁棒性的鲁棒独立变桨控制策略，解决了传统控制器的不完全解耦和系统非线性问题。