本发明提供一种水下井口入泥深度标示方法，指定某一根套管作为被切割的套管标记为0号套管，为剩余套管依次标记顺序，按照套管标记顺序，以1号套管的套管公扣接箍作为零点，向井口端测量，即向上测量，每间隔1米做标记线，并标记累计深度，将0号套管送往切割车间进行切割，以0号套管的母扣接箍作为零点，向切割位置测量，即向下测量，每间隔1米做标记线，并标记累计深度，记录0号套管的总长度，将上述套管按照顺序依次连接后送入海底泥土，直至不再移动为止，套管串实际入泥深度等于估测的累计深度与0号套管总长度之和。本发明中已标记的1号套管、2号套管、3号套管，与被切割的0号套管不存在关联性，可随时更换被切割的0号套管。