本发明公开了一种双轴倾角监测系统的横向误差补偿方法，包括以下步骤：S1：现场搭建双轴倾角监测系统；S2：测量双轴倾角监测系统的偏移角度；S3：读取双轴倾角监测系统的倾角值；S4：根据公式计算横向误差；S5：用S3读取的倾角值减去S4计算出的横向误差得到实际的倾角值。本发明通过建立数学模型，推导出一组角度补偿公式，然后结合系统测量的倾角数据和系统的偏移角数据，根据对应的公式，计算出横向误差角度，对倾角数据进行补偿，从而补偿双轴之间由于不能做到完全垂直带来的横向误差，大大提高了双轴倾角监测系统的测量精度。