本公开提出一种基于多波束测深的海底地形精度自动质检方法和装置，该基于多波束测深的海底地形精度自动质检方法，包括：确定参考线，并根据参考线布设检查线，检查线与参考线之间的交叉角满足设定条件；获取测量船行进方向上设定宽度内检查线的目标多波束测深数据；对目标多波束测深数据与待检水下地形图进行匹配映射处理，以得到多个高程差；根据多个高程差自动生成质检数据结果。通过本公开，能够实现对海底地形精度的自动化质检，并自动化地生成质检数据结果，实现了检测精度的自动统计分析，辅助质检数据结果的报表输出。