本发明公开一种柔性电加热器制备方法及其制备的柔性电加热器，制备方法过程中，首先在下绝缘封装层上沉积电热转化层，并裁切形成大小合适的预制片后，清除预制片周向边缘处的电热转化层；随后利用设计的掩膜版对预制片进行掩膜处理；并采用真空法通过掩膜版上的镀膜窗口处在电热转化层表面相对位置沉积金属层作为导电电极；最后在导电电机上焊接导线，用于连接外部电源。通过上述制备方法得到具有三层结构的柔性电加热器，且导电电极分布在电热转化层的相对两侧边缘处，可以在两导电电极之间形成均匀分布的大面积电场，使得电热转化层发热均匀，满足航天领域的加热器规格多，尺寸变化大的应用需求，适用于对电加热器封装材料要求苛刻的应用领域。