本申请提供一种多集群容器管理方法、装置、电子设备及存储介质，所述方法包括：根据创建请求，在数据库中插入应用系统的信息，以创建该应用系统，所述应用系统的信息包括该应用系统的标识、资源配额信息以及对应的物理子系统信息。为所述应用系统对应的物理子系统创建各自的命名空间，所述命名空间包括物理子系统的标识和资源配额信息。在Harbor中创建所述应用系统对应的工程空间，所述工程空间的标识与所述应用系统的标识相同，所述工程空间用于存储所述应用系统的镜像。通过以上方案，可以从应用系统层级对下属的所有容器进行统一管理，并且一个应用系统只存储对应的一个镜像用于推送给容器，从而有效提高运维管理效率。