本发明涉及一种用作GPC测试流动相的六氟异丙醇的提纯方法及其应用，该方法是将待提纯的六氟异丙醇与碱性物质混合，之后进行精馏纯化，采集塔顶馏出物获得纯化的六氟异丙醇。与现有技术相比，本发明将待提纯的六氟异丙醇与碱性物质混合，碱性物质与六氟异丙醇中的酸性杂质反应并生成盐，利用所生成盐、六氟异丙醇中其它有机杂质与六氟异丙醇沸点的差异，通过精馏将六氟异丙醇从体系中分离出来，获得纯度≥99.7％的经纯化的六氟异丙醇，采用提纯后的六氟异丙醇来溶解待测试的聚乙醇酸样品，不仅能保证测试的准确度，还能大大降低GPC测试成本，经济实用性好。