本发明公开了一种基于瓦楞纸板的数码打印系统，包括送纸机构及打印机构，其中，打印机构包括采集设备、控制设备、打印机体、至少两组进料传感器及至少两组喷头模块，将其中一个进料传感器作为基准进料传感器；采集设备用于采集用户输入的打印模式及图像数据集，并将打印模式及图像数据集发送至控制设备；进料传感器用于采集瓦楞纸板的进料信号，并将进料信号发送至控制设备；控制设备用于根据打印模式、图像数据集及进料信号控制喷头模块进行单通道或多通道打印，每组喷头模块均包括至少一个喷头驱动板及一个喷头。本发明还公开了一种基于数码打印系统的数码打印方法。采用本发明，可采用单通道模式或多通道模式对瓦楞纸板进行打印，以满足不同的打印需求，提升生产效率。