本发明提供了一种卫星在轨数据处理方法，包括如下步骤：S1、输入卫星在轨数据；S2、对卫星异常在轨数据进行修复，至少对所述卫星在轨数据进行：空数据行删除、时间错误行修复、卫星动作的时间区间内的动作数据提取和异常值剔除；S3、确定修复后的卫星在轨数据中的每一数据的波道号，并对应记录；S4、计算卫星在轨数据的最大时间间隔；S5、基于S2‑S4的数据处理结果生成卫星在轨数据报表，并输出。该数据处理方法根据任务需求和卫星在轨运行特性，能够自动完成在轨卫星数据修复的工作，从而高自动化、客观且准确的对卫星当前健康状态进行评价。