本发明提供了一种服务器风扇的调控方法、系统及服务器，用于BMC失效时对风扇的调控，所述调控方法包括可编程逻辑器件获取温度传感器信号及CPU的温度告警信号；基于所述温度传感器信号和所述温度告警信号，以及单板温度与风扇PWM的对应关系，得到当前信号下对应的PWM占空比；通过计数器当前计数值与计数周期的比值控制输出所述PWM占空比，调节风扇转速。本发明通过可编程器件获取传感器采集的服务器各单板的温度信号，并结合单板温度与PWM占空比的对应关系，借助计时器的输出实现对PWM占空比的灵活控制，在BMC失效时能够基于单板的温度设置合理的风扇转速，兼顾服务器散热和风扇功耗的需求。