本发明公开了一种分蘖期耐半淹涝高产优质水稻种质资源鉴定方法及其应用，该包括如下步骤：(1)选择不同品种的水稻；(2)不同品种的水稻设置2种半淹水处理，包括对照和分蘖期半淹水；(3)测定生长、产量与米质三种性状，对对照组和分蘖期半淹涝胁迫下不同基因型水稻生长特性、成熟期的产量和稻米品质进行统计分析；(4)设定耐涝系数分别计算不同类型水稻品种的综合耐淹涝系数，通过综合耐涝系数综合评价水稻的耐涝特性，筛选出耐涝高产优质的水稻品种。本发明通过使用综合耐涝系数鉴定法可以实现对不同水稻品种耐涝性强弱的快速筛选鉴定，操作简单且结果可靠，可以为耐涝水稻的合理开发利用和遗传资源保护提供科学依据。