本发明为一种地质复杂地区非煤系地层隧道有害气体勘察方法，其克服了现有技术中有害气体勘察针对煤系地层开展，地质勘察手段单一，成果精度低的问题。本发明包括以下步骤：S1，收集资料，分析区域有害气体特征，划定可能受影响的段落；S2，开展地质调绘，分析区域地层岩性、地质构造、地热流体及伴生矿物与有害气体间的关系，综合分析区域有害气体特征，圈定影响的段落；S3，利用物探、地表测试手段，解译地层岩性、地质构造，测量逸出气体通量，划分影响段落，进行危险性分级；S4，进行钻探验证工作，进一步判定有害气体的成分，浓度及分布范围等，修正危险性分级；S5，综合分析，准确划分有害气体危险性分区，指导隧道设计、施工。