本发明适用空间光学遥感器控制技术领域，提供了一种空间光学遥感器在轨运行的程控指令电路，所述电路包括主份电路和备份电路，所述主份电路与备份电路结构相同，所述主份电路与备份电路的输入端、输出端均分别连接；所述主份电路包括程控拍摄模块和程控停摄模块，所述程控拍摄模块和程控停摄模块的电路结构相同，所述程控拍摄模块的输入端与所述程控停摄模块的输入端电连接。基于冷备份设计，将主份电路与备份电路连接在一起进行分析，并且在有可能发生潜在通路处进行二极管隔离，从而提高空间光学遥感器的安全可靠性设计。