本发明公开了一种入侵杂草种群分布优化的高超声速飞行器再入段控制器，由飞行器海拔高度传感器、飞行器飞行速度传感器、飞行器飞行航道倾角传感器、飞行器水平飞行距离传感器、飞行器MCU、飞行器攻角控制器构成。高超声速飞行器MCU到达再入段空域后，各传感器开启，获得飞行器海拔高度、速度、飞行航道倾角和飞行水平距离信息，MCU根据设定的海拔高度、速度、飞行航道倾角要求自动执行内部入侵杂草种群分布优化算法，得到使高超声速飞行器水平飞行距离最长的轨迹优化控制策略，并换为控制指令发送给飞行器攻角控制器执行，使高超声速飞行器获得更长的水平飞行距离。