本发明的一种临边大气扫描观测相机与扫描镜时序控制方法及存储介质，包括当临边扫描光谱仪处于某角度最后一帧拍照时序的帧转移阶段时，该帧转移阶段完成后立即通知主控器转动电机至下一个观测角度；等待最后一帧拍照时序读出阶段完成后，查看电机是否转动到位并处于稳定状态；如果已稳定到位，则直接进入下一个观测角度拍照时序；如果未稳定到位，则进入慢速帧转移时序，进行曝光区电荷清除，等待电机转动到位且稳定后即可直接进入下一观测角度拍照时序，以保证在进入下一观测角度拍照时序时CCD曝光区处于清空状态。本发明通过扫描观测相机与扫描镜的时序配合，减小电机稳定时间对有限的观测时间的占用，从而提高光谱仪的拍照效率。