本发明公开了一种基于含因果性医学知识图谱的疾病辅助鉴别诊断系统，本发明设计和构建了非结构化数据提取、映射和校准工具，从电子病历、医学文献、临床指南等多源异构医学知识源中提取与疾病诊疗相关的因果性知识，构建包含病史、症状、体征、实验室检查结果、用药、人口统计学信息等关键诊断信息的含因果性医学知识图谱，并在构建过程中设计相应的知识提取规则，减少含因果性医学知识图谱的噪声，提高疾病鉴别诊断模型的准确度和运行效率。本发明基于含因果性医学知识图谱，提取患者所有的个性化诊断数据，并充分利用患者数据中的阴性检查结果和阴性症状等阴性数据，利用疾病鉴别诊断模型开展显式推理，给出具有明确诊断依据的推理结果。