本发明公开了一种碳量子点掺杂液相色谱填料及其制备方法和应用，其中，制备方法包括：硅胶酸化，将硅烷化试剂、催化剂、反应溶剂和酸化的硅胶混合并加热搅拌回流得到双键修饰的硅胶，将功能单体、致孔剂和模板分子混合预聚合得到预聚合体系，向预聚合体系中加入交联剂、双键修饰的硅胶、引发剂和碳量子点，程序升温，搅拌一段时间后洗涤并干燥得到碳量子点掺杂液相色谱填料。本发明制备得到的色谱填料将碳量子点材料的小尺寸效应、高比表面积、作用位点丰富等性质与分子印迹聚合物的独特选择性以及多孔硅胶适宜作为色谱分离材料载体的多种优良性质相结合，使其适用于多种小分子极性药物的分离分析。