本发明涉及一种高可靠性、冗余设计的阀门控制系统，具体为一种通过冗余设计的控制阀门启闭的控制系统及其控制方法。包括冗余设计的电控单元和一组手动单元，所述电控单元和手动单元并连设置并独立控制主阀开启，每组电控单元均包括串联的两个电磁阀。两个电磁阀为一体式双电磁阀组。本发明通过多通道的多冗余设计对阀门进行控制，可实现电磁阀的在役维修及零件更换。单一通道的单一电磁阀误开，阀门不会误动作，保证阀门关闭可靠性。单一通道的单一电磁阀关闭即可保证通道的关闭，防止误操作。手动单元的应急通道可以应对电磁阀失效的突发状况，有效确保阀门在各种状态下正常运行。