本发明公开了一种锥面自屏蔽梯度线圈的设计方法，首先导入三维锥面梯度线圈的网格，排序网格顶点和三角面，定义成像区域和屏蔽区域目标点坐标值，根据目标点坐标值计算理想梯度磁场值，然后根据边界元法和给定的导线尺寸，计算源点区域通电导线对成像和屏蔽区域目标点的磁场贡献，最后通过二次规划方法和流函数法得到锥面自屏蔽梯度线圈的形状。本发明采用上述结构的锥面自屏蔽梯度线圈布线简单，既能保证在成像区域产生目标磁场，又使屏蔽区域涡流最小，并能降低梯度线圈圆周处磁场变化。