本发明公开了一种地下水库分质分流排水系统及其控制方法，括处于地面以下并与地下水库连接的水舱、处于地面上的真空引流系统和处于地面上的远程控制系统；所述水舱包括用于向地面供水的第一水舱、用于为井下生产供水的第二水舱和用于为井下降尘消防供水的第三水舱，其中，所述第一水舱的舱底高于所述第二水舱的舱底，所述第二水舱的舱底高于所述第三水舱的舱底。本发明公开的地下水库分质分流排水系统及其控制方法，实现了地下水库出水排放的模块化分割，根据不同的用途及水质要求，合理的将地下水库的矿井水进行再利用，同时可以进行远程监控及控制，更加有利于地下水库排水系统的安全保障、实现矿井水的合理分配利用。