本发明提供一种水下蓝绿光高速全双工动中通系统及方法，解决现有水下无线通信存在延时大、通信速率低、载体机动性差、采用半双工通讯方式问题。系统包括相通信的两个通信装置；每个通信装置包括发射机和接收机；发射机包括主控与信息交互单元、调制与驱动单元、光信号发射阵列和匀化镜；主控与信息交互单元对业务数据处理输出方波信号；调制与驱动单元根据方波信号输出N路激发信号；光信号发射阵列包括并联N个激光二极管；接收机包括波长选择单元、偏置电压单元、分集接收和选通单元、可变增益放大器单元和ADC电路单元；其中一个通信装置的发射机输出信号蓝光，同时另一通信装置的发射机输出信号绿光，两个通信装置的接收机接收对方输出的信号。