本发明提供一种微流控芯片键合装置及其控制方法，其中的微流控芯片键合装置，包括气囊压板、热台，所述气囊压板与热台相对设置且能够相向运动，以对处于两者之间的微流控芯片组件形成挤压进而使所述微流控芯片组件的基片与盖片键合，所述气囊压板包括气囊，当所述气囊压板与热台相向挤压所述微流控芯片组件时，所述气囊与所述微流控芯片组件接触。本发明，能够通过调节气囊内气体压力大小保证微流控芯片组件各处的压强相等，能够实现气囊压板的自动找平，有效解决因盖片和基片变形或厚度不均造成的各处压强不一致进而使芯片各处键合强度不一致的问题。