本发明提供一种快速在线升级程序的方法，上位机通过以太网通信将要升级的程序包下发给下位机，下位机将升级程序包通过串口或者SRIO发给目标数据存储板，目标数据存储板接收数据完成后，校验升级程序包的正确性，如果出错则重新传送升级程序包，如果正确则将升级程序包数据写入QSPI Flash中，完成程序的更新升级。本方法在上位机、下位机及目标板卡之间设计了一套升级方法流程，通过软件上设计的升级服务协议、异常恢复措施等包含着各种校验的方法从而提高了程序升级过程的可靠性；而且，本方法不需要借助仿真器或者编程器，可以不受环境的限制，从而提高了系统升级、生产调试以及工程维护的便捷性和可维护性。