本发明公开了抗温度干扰的工控系统物理入侵检测阈值估计方法及装置。本发明通过在不同的测试温度下，依次控制物理入侵设备与工控系统连接和断开连接，对工控系统进行物理入侵检测，获取每一测试温度下的入侵测试信号和未入侵测试信号，对于每一测试温度下的入侵测试信号和未入侵测试信号，分别将入侵测试信号和未入侵测试信号与预先获取的标准信号进行差分对比，从得到的差异信号中提取入侵特征和未入侵特征，当得到所有测试温度下的入侵特征和未入侵特征时，根据每一测试温度下的入侵特征和未入侵特征，确定每一测试温度下的检测阈值，能够考虑环境温度对工控系统物理入侵检测的干扰，提高不同环境温度下工控系统物理入侵检测的准确性和成功率。