本发明公开一种疏水型气凝胶的制备方法、制备系统及其使用方法，一种疏水型气凝胶的制备方法包括以下步骤：将硅源、水的混合得混合液；将所述混合液调节至预设PH值，混合液中的硅源、水反应得到凝胶；将所述凝胶浸泡于改性剂内，用改性剂置换凝胶中水使改性剂进入凝胶，置换过程中所述改性剂不进行反应；然后加入改性助剂，进行凝胶改性；去除凝胶内的水和/或改性剂和/或改性助剂，即得。通过此工艺过程生产时间短、且改性剂简单且能够通过冷凝、静置分层进行回收、分离、二次利用，操作简单，达到环保且成本低。