本发明公开了一种黄原胶发酵生产专用蛋白胨的制备方法，包括以下步骤：新鲜鱼骨与水混合，并经过高温高压蒸煮成骨汤；将骨汤倒入酶解罐，并加入复合酶进行搅拌酶解；酶解结束后加入酸性调节剂，将酶解罐内pH调节至弱酸性，使其产生悬浮物和沉淀物；取悬浮物和沉淀物中间的清液进行过滤，添加活性碳粉末再经离心过滤、喷雾干燥机干燥成粉，得到生产黄原胶专用的蛋白胨。本发明通过新鲜鱼骨制备蛋白胨和通过改变酶解工艺，使得制得的蛋白胨具有较高含量的氨基酸态氮以及适用于黄原胶菌株发酵的氨基酸组成，使黄原胶发酵产率及质量均得到提高。