本发明提出了龋齿标志微生物及其应用，该龋齿标志微生物包括第一微生物集，进一步提出一种试剂盒，包括适于检测第一微生物集中至少一种菌种的试剂，所述第一微生物集由以下菌种组成：神秘杆菌(Cryptobacterium curtum)、牙龈欧陆森氏菌(Olsenella uli)、居齿副斯卡尔维氏菌(Parascardovia denticolens)、栖牙普雷沃菌(Prevotella denticola)、变黑普雷沃菌(Prevotella nigrescens)、变形链球菌(Streptococcus mutans)、嗜糖普雷沃菌(Prevotella multisaccharivorax)、沙特尔沃思菌(Shuttleworthia satelles)。本发明提出的微生物相较于健康群体，在龋齿患者群体中显著富集，能够作为健康群体和龋齿患者群体的区分标志，可以作为检测和/或治疗龋齿的标志物。