本发明提出了白塞病标志微生物及其应用，该白塞病标志微生物包括第一微生物集，因此，进一步提出了一种试剂盒，包括适于检测第一微生物集中的至少一种菌种的试剂，所述第一微生物集由以下菌种组成：Atkinsonella_texensis、雀稗麦角菌(Claviceps_paspali)、银色棒杆菌(Corynebacterium_argentoratense)、香柱菌(Epichloe_aotearoae)、壳球孢菌(Macrophomina_phaseolina)、嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas_maltophilia)和嗜根寡养单胞菌(Stenotrophomonas_rhizophila)。本发明提出的标志微生物在健康人群和白塞病患者中的丰度具有显著差异，可以作为检测和/或治疗白塞病的标志物。