本发明公开的一种用于预测转录因子‑靶基因相互作用的方法及模型，所述用于预测转录因子‑靶基因相互作用的方法是基于随机游走的异构图嵌入算法来预测TF与靶基因潜在的相互作用关系，采用随机游走方式在异构图中生成节点的语句，然后采用滑动窗口方式提取训练样本，经过异构图嵌入算法生成节点的特征，进而预测TF与靶基因之间未被发现的相互作用关系。并且，由于本发明在异构图中添加了TG节点，采用随机游走生成样本路径的过程中，在选择TG或者疾病节点时，设定一个概率，以一定概率选择TG或者疾病，在解决冷启动问题的同时，能够更好地捕获异构网络的节点信息。